首发于本人私人博客,分成4个部分讲解:
第一步:安装R语言及Rstudio
首先根据操作系统来安装R语言软件
最好是安装最新版
- Download R for Windows from CRAN
- Download R for macOS from CRAN
- Download R for Linux from CRAN
Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it.
这个很容易,就跟下载QQ微信一样,不停的下一步即可,全部选择默认的安装配置。
然后安装RStudio编辑器
RStudio is a graphical development environment you can use as an alternative to command line R. RStudio requires R to be installed.
- Download RStudio for your operating system
选择免费版本即可,安装成功之后就可以打开RStudio,所有的操作均在里面完成。
第二步:了解markdown语法
一般来说做笔记分享,需要用markdown语法,不熟悉的人可能会害怕,但是一旦你花15分钟了解了它,你会爱上写作,相信我。
学习markdown,可以先看看扫盲贴
至于语法本身,自己随便搜索学习吧
学习编辑器,推荐typora
第三步:安装必备的R包
如果是普通的R包,用install.packages即可,如下:
install.packages("matrixStats" )
之所以设置后面的repos,主要是考虑到中国大陆的特色网络墙。
如果是bioconductor的包,使用biocLite即可,如下:
biocLite("ALL") biocLite("airway")
同理,也是设置了镜像。
如果是GitHub上面的R包,也可以使用biocLite,如下:
biocLite("jmzeng1314/humanid")
第四步:新建rmarkdown文件并且输出html报表
进入Rstudio编辑器,新建
理解并且修改文件内容
输出html报表